RNAはアルカリやRNase等によって非常に分解されやすいので、RNAを扱う実験は特に唾液やほこりなどに含まれるRNaseが混入しないよう、十分な配慮が必要となる。RNA用の器具、試薬を使用する際には素手で触れることがないよう、ディスポーザブルの手袋を着用し、さらに唾液が飛ばないように、話をしてはならない。用いる器具は高温高圧滅菌（120℃, 15分）あるいは乾熱滅菌（180℃, 5時間）したものを用いる。ゲル作成板などの高温高圧滅菌あるいは乾熱滅菌の出来ない器具は、予め30%過酸化水素水（原液）に30分以上浸漬する事で滅菌処理を行う。試薬は出来るだけRNase freeのものを用いて、他の試薬とは別に保管する。また、試薬を秤り取る際には乾熱滅菌したスパーテルを用いる。実験台はRNaseを除去できるスプレーなどを用いて清拭すると安心である。