ゲルの調製

１）200 ml容三角フラスコに、6 mlの20×MOPS緩衝液（0.4 M MOPS、0.1 M酢酸ナトリウム、0.02 M EDTA、pH 7.0、autoclaved）、90 mlのDEPC処理水(1 ml/lでDEPC含有、autoclaved)、1.4 g のSeaKem GTG Agarose (RNase free; FMC BioProducts) を加えて120℃で２分間オートクレーブして（あるいは電子レンジを用いて）溶解

２）アガロースを溶解後、60℃まで冷まし、6 mlのホルムアルデヒド(37%)溶液（ホルマリン）を添加

３）120 mlとなるようにDEPC処理水を注入

４）6 μlのEtBr溶液(10 mg/ml)を添加

５）よく振り混ぜた後、過酸化水素水で滅菌したゲル作成槽に気泡が出来ないように気をつけながら流し込み、サンプルコームを挿入

６）ゲルが固まるのを待って泳動ゲルとして使用

電気泳動

１）泳動バッファーとしては0.5 μg/mlのEtBrを含む0.02 MのMOPS緩衝液を使用

２）RNA試料緩衝液は1.6 mlホルマリン、5.0 mlホルムアミド、0.5 ml 20×MOPS緩衝液を混合して調製

３）泳動バッファーの入った泳動槽にゲルを静かに移す

４）RNA試料緩衝液に適量のRNAを溶解

５）泳動用色素（DNA用と同じ、但しRNase freeで調製）を試料に対して1/5加える

６）５）の溶液を泳動ゲルのサンプルスロットにゆっくりとローディング

７）100 Vでおよそ30分泳動。ゲルを取り出してトランスイルミネーター上に移し、UV照射により発色するRNAの状態を調べる